民國108年8月文化部與臺南市政府文化局宣布，鄭成功文物館將轉型為典藏臺南市歷史文化與文物、建構在地化地方歷史的「臺南市立博物館」，透過改善館舍入口意象與週邊入館動線，並擴建館舍以提升博物館公共服務效能，但於基本設計階段經歷史資料及透地雷達探勘後發現，西側庭園疑似有地下遺構而取消原訂增建計畫，改為既有博物館的整修改善再利用。

本案除了保留歷史建築之風貌並改善原先博物館本身因構造損壞的修復，經開山路及大埔街路口走進園區，既有都市街角開放空間因被園區內汽機車位及既有植栽鋪面切割破碎，未能將都市民眾活動引入戶外開放空間。走進博物館入口大廳發現原先設計的天井被鋼構金屬屋頂遮蓋大量光線導致入口大廳昏暗，無法重現其大廳設計原意，為本案修復再利用的主要課題，另外為改善建築物構造健康度、無障礙設施及水電消防設施之工程。

整修規劃設計過程中，重新檢視了成功大學建築系教授賀陳詞設計及建築師陳邁繪製的施工圖的設計原意，希望能將原本的設計理念及工法構造重新保留再詮釋，讓進來參觀的民眾也能體會到博物館本身也是臺南市建築歷史中的一個展覽品，花格牆、清水磚牆、磨石子地板、魚骨樓梯及磨石子地坪等，都是能代表歷史建築在當時的時代意義。在設計修復格子樑採光天井的屋頂因原壓克力的工法及構造在現今已不符使用，我們利用現代工法重新設計玻璃屋頂，還原其大廳的天光引入挑空大廳的設計意象，是本案唯一修改歷史建築原工法的整修項目。